L’edificio religioso è molto noto perché, secondo la tradizione, custodirebbe l’Ara Petri, ovvero l’altare su cui pregò san Pietro durante la sua venuta a Napoli. La basilica si erge nel centro storico della città e, fino all’Ottocento, era affiancata da un chiostro monumentale. Secondo la leggenda la chiesa è sorta sul luogo dove san Pietro aveva battezzato santa Candida e sant’Aspreno, i primi napoletani convertiti, come narra anche l’affresco nel vestibolo. La credenza popolare vuole che la santa donna abbia vissuto nella cripta, cui si accede dal transetto sinistro della chiesa
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Sono state scoperte anche delle catacombe in cui sono stati trovati sette scheletri, probabilmente i primi sette Santi di Napoli, tra cui quello di Santa Candida che si venera tuttora e che è conservato sullaltare della quarta cappella a sinistra.